Загубва поста на външен министър след
парламентарните избори през юни 2001 г.,
когато на власт идва правителството на
Симеон Сакскобургготски. Избрана за
депутат в 39-ото народно събрание.
Председател на парламентарната група на ОДС.
2003 г. -
Избрана за председател на СДС на ХІІІ Национална
конференция на СДС на 11 март 2002 г. (През 2004 г. Иван Костов с група
народни представители напуска СДС и парламентарната му група, а впоследствие
основава конкурентната дясна партия Демократи за силна България.)
През 2004 г. Надежда Михайлова става председател на Института за демокрация и стабилност в Югоизточна Европа. От 2006
г. е член на международния консултативен съвет към Democracy Coalition
Project и член на консултативната група за Кръгла маса на лидерите на
южните държави към Съвета за южно сътрудничество.
2005 - СДС, чийто председател е Н. Михайлова, участва в
парламентарните избори през юни за 40 НС в рамките на новосъздадената коалиция
ОДС (СДС, Гергьовден,
Демократическа партия,
БЗНС - Янев), партия на ромите ДРОМ.
Избрана за народен представител от София 23 МИР.
Ноември 2005 - губи лидерското си място в СДС
(на този пост е избран Петър Стоянов). На 30
ноември обявява създаването на нова фракция "Дясна алтернатива" в
рамките на партията, която да бъде учредена на 11 декември в Плевен.
Очакването е членовете на фракцията да споделят идеята, че СДС трябва да е
категорична опозиция на управляващите. Основно несъгласие на Михайлова с
политиката, следвана от П. Стоянов, е търсенето на сближаване с НДСВ.
11 декември 2005 -
пренебрегва призива на редица известни привърженици на СДС да
не се пристъпва към това и участва във учредяването на
Съюз "Дясна алтернатива" в СДС.
Става член на националното му ръководство.
От 2007 г. е председател на Съюза на
малките и средни предприятия в България (СМСП). През 2007 г. е избрана
за вицепрезидент на Съюза на малките и средни предприятия към
Европейската народна партия.
Кавалер на Националния орден
на Почетния легион - удостоена с най-високото държавно
отличие на Франция с указ на президента на Републиката
Никола Саркози за приноса й в развитието на двустранните
отношения и общата европейска кауза. Отличиетго й е връчено
на 7 октомври 2008 в посолството на Република Франция
в София от посланика Етиен дьо Понсен.
2009 - избрана за депутат в Европейския парламент в групата на Европейската народна партия (Християндемократи).
От 2009 до 2014 е евродепутат.
От средата на 2015 г. е посланик на България в Турция.
Ползва английски, испански и руски.
Омъжена,
има две дъщери, Нина и Виолета.
През 2009 година се омъжва повторно и взема фамилията на новия си съпруг, така вече е известна и като Надежда Неински.
Михайлова
е обвинявана от някои в клиентелизъм във връзка с участието на бившия ѝ
съпруг, Камен Михайлов, в придобиването през 1998 на "Автотранссервиз"
– бившите гаражи на ЦК на БКП. Известна е и с произнесената от нея фраза пред ловешките активисти на СДС "Нахранете журналистите!".
