СР води началото си от Клуба на репресираните след 1945 година, създаден през септември 1989 г. в Пловдив с председател Димитър Баталов. Този Клуб е съучредител на СДС.

На 31 март 1990 г. Националната конференция приема Устав и Програма на Клуба. Във Великото народно събрание той е представен от 5 депутати, избрани с листата на СДС.

На 31 март 1991 г. Националната конференция решава да промени името на Клуба в Съюз на репресираните след 9 септември 1944 г. и седалището му да се установи в София. Съюзът не издига свои кандидати в изборите през октомври 1991 г. и замразява членството си в СДС. Регистриран е с новото си име на 11 ноември 1991 г. по Закона за политическите партии.

На 6 септември 1994 г. Иван Станчев подписва от името на СР ново политическо споразумение със СДС, но по-голямата част от членовете на Съюза решават да се търси взаимодействие с Народен съюз - БЗНС Демократическа партия. Начело на това мнозинство застава Иван Неврокопски.