Той е роден на 23 юли 1955 г. в Пазарджик.

Юрист по образование. Завършва Московския университет, където е комсомолски секретар на студентите от България. Там създава семейството си - съпругата му е дъщеря на издигнат в йерархията чекист. По слухове от началото на 90-те години, тъстът му е бил генерал от КГБ.

Промяната на 10 ноември 1989 г. го заварва като преподавател в школата на МВР в Симеоново. От тогава е познанството му с Бойко Борисов.

Поканен е от съгражданина си Емил Кошлуков да се включи в работата на новосформираното СДС, където не достигат експерти-юристи. След колебание от няколко седмици, Ганев приема и бързо прави впечатление в Националния координационен съвет със своята речовитост. Като юрист-конституционалист той има основен принос СДС да приеме идеята да се прави нова конституция. По ирония на съдбата той няма да подпише тази конституция.

Заедно с Любомир Павлов става съучредител на Обединения демократичен център (ОДЦ).

Депутат във Великото народно събрание от Пазарджик и в 36-ото НС. Добър оратор, с харизматично влияние сред привържениците на СДС.

Един от водачите на 39-те, които отказват да подпишат новата конституция. Участва в гладната им стачка, по време на която е приет по спешност в Пирогов.

През 1991 г. става вицепремиер и министър на външните работи в кабинета на Филип Димитров.

Като външен министър извършва безразборни уволнения и назначения в министерството. Уволнява като номенклатура и малцината преводачи от някои езици, което се отразява на отношенията със страните от Арабския свят, както и с Иран, Индия и Индонезия. Това довежда до формиране на трайно негативно отношение към СДС от страна на дипломатите от кариерата. Освен това прави непремерени изявления. Наема се да "реши" отношенията между Израел и арабите. Заявява, че България трябва да даде под съд Съветския съюз за налагането на тоталитарния режим в България. Изказването му има крайно негативно влияние върху търговските отношения между двете страни.

Но най-сериозния акт от дейността му като министър е предоставянето на Ахмед Доган на разузнавателните тайни на Външно министерство.

На 4 февруари 1992 г. Ахмед Доган занася в турското посолство предоставените му от Стоян Ганев документи, сред които е подробен списък с 1300 имена на всички български разузнавачи зад граница. От кои служби са, какви прикрития имат, в кои страни работят, на какви постове в посолствата, търговските представителства, смесените фирми и дори какви позиции в резидентурите заемат и прочие, обричайки на провал цялото българско разузнаване. Има и други документи.

Актът на прадаването на документите и проведените разговори с турските представители е прихванат от българското контраразузнаване...

Следва невероятен скандал, при който пострадали са само представители на българското разузнаване и контраразузнаване.

По същото време, когато е външен министър, Стоян Ганев става и председател на 47-та сесия на Общото събрание на ООН за една година. Просто е дошъл ред председателството да се поеме от представител на Източна Европа.

След като правителството на Филип Димитров пада, Ганев остава в ООН, но отказва да напусне мястото си в Народното събрание. Конституционният съд решава въпроса, като се произнася за несъвместимостта на двата поста.

Стоян Ганев не се завръща в България, което скандализира публиката. Той се оказва външен министър-бежанец, без никой да го преследва.

По негови твърдения в края на 1992-ра началото на 1993-та му е било предлагано от президента Желев и Ахмед Доган да стане министър-председател, което той е отказал. Сетне, когато Беров поема поста, отказва да стане външен министър в неговия кабинет.

Обвързва се с дейността на Сат Мюнг Муун, като става преподавател в Университета Бриджпорт. Този университет по това време е фактическа собственост на Професорската световна академия за мир, която пък е изцяло финансирана от Обединената църква на Муун. Муун е противоречива личност със световно влияние.

Стоян Ганев се запознава с Царя през 1992 г., а има лична среща с него през 1996 г. На нея той изложил пред Симеон план за завръщането му. Царят да станел изразител на недоволството на хората от прехода. Задвижването на плана, по който Царят казал, че ще помисли, става чак през 2001 г. Тогава на един обяд между двете семействата Ганев се заема да подготви обръщение на Царя към българския народ. Това е всъщност обръщението на Симеон от 6 април 2001 г. Според думите на Ганев, поправките в предложения от него текст са били дребни. Вероятно Ганев е бил само един от хората, които са предлагали на Симеон да се завърне, но авторството му на обръщението, може и да е вярно.

В България Стоян Ганев пристига през 2001 г., когато Симеон Втори учредява НДСВ. Ганев е един от организаторите (заедно с Георги Петров), идеолозите и кадровиците на Движението. Той връща жеста на Кошлуков, "изважда го" от неправителствения сектор и го включва в новата партия. Ганев представя на Симеон и юристите от СУ Пламен Панайотов, Петканов, Герджиков... Прави неуспешен опит да не допусне Даниел Вълчев. Причината, която го карала да се противопостави за Вълчев, била тази, че по време на Кръглата маса (1990) той бил в екипа на генерал Семерджиев - тогава министър на вътрешните работи.

Ганев става началник на кабинета на премиера Симеон Сакскобургготски. Отначало влиза в конфликт с икономическия екип на правителството, а сетне и с юристите, които сам е предложил. Решаващият сблъсък между Царя и Ганев става по повод приватизацията на "Булгартабак".

На поста "началник-кабинет" остава по-малко от година. Напуска отново България и се връща в САЩ.

Периодично се появава на родна сцена, като прави различни изявления за нови политически проекти. За един от тях съобщава през март 2009 г., когато се кани да създаде движение, което да се "бори с корупцията".

Умира след тригодишна борба с рака на 1 юли 2013 г. в болницата в Гринуич, Кънектикът.

С чувство за хумор като председател на 47-та сесия на Общото събрание на ООН, казваше, че е най-високо издигналият се български сперматозоид.