Маргарита Попова е родена на 15 май 1956 година.

През 1975 г. завършва гимназията с преподаване на немски език „Бертолт Брехт” в гр. Пазарджик.

През 1980 г. се дипломира като магистър по българска филология, с втора специалност немски език, в Софийския университет „Св. Климент Охридски”. От 1989 г. е магистър по право в Софийския университет.

В периода 1981 - 1988 г. работи като коректор във Военно издателство към Министерството на отбраната на Република България.

От 1990 г. до 2009 г. работи като прокурор в Прокуратура на Република България последователно като младши прокурор, районен прокурор, прокурор в Окръжна прокуратура и заместник-окръжен прокурор. От 1996 г. до 2004 г. е административен ръководител на Окръжна прокуратура - София.

От 2005 г. до 2009 г. е постоянен преподавател и преподавател в Националния институт на правосъдието.

През 2007 г. след конкурс заема длъжността прокурор във Върховната касационна прокуратура, а в периода 2008 - 2009 г. ръководи отдела за противодействие и разследване на престъпления срещу финансовата система на ЕС, изграден с подкрепата на западноевропейски експерти и на ръководството на ОЛАФ.

През юли  2009 г. заема поста министър на правосъдието на Република България в правителството на Бойко Борисов.  В този период са разработени проекти за някои важни национални политики: Стратегия за продължаване на съдебната реформа в условията на европейско членство с ключови изменения в Закона за съдебната власт; Концепция за наказателна политика със стартиране на проект на нов Наказателен кодекс; Отнемане на имущество, придобито по престъпен или незаконен начин, съвместно с експерти от Венецианската комисия към СЕ; Концепция за държавна политика в областта на  детското правосъдие, съвместно с експерти от Франция; Концепция в областта на административно-наказателното правосъдие.

На 22.01.2012 г. встъпва в длъжност Вицепрезидент на Република България след преки избори като вицепрезидент на Росен Плевнелиев.

Към края на януари 2017 г. Маргарита Попова става зам.-председател на Българската стопанска камара (БСК). Решението Попова да влезе в управлението на Камарата е взето на 19 януари 2017 г. от Управителния съвет на Камарата. Промяната е оповестена няколко дни по-късно, вероятно за да се изчака окончателното приключване на вицепрезидентския мандат на Попова. В качеството си на зам.-председател на БСК тя отговаря за правната инфраструктура (вкл. Арбитражния съд на БСК) и международната дейност на Камарата.

Специализирала последователно в Съединените щати /1998/, Унгария /1999/, Германия /2001-05/, Франция /2005-06/ по въпросите на: досъдебно и съдебно разследване; разследване на престъпления против интелектуалната собственост; организирана престъпност; трансгранична организирана престъпност и антикорупция; структура и компетенции на европейски съдебни и прокурорски власти; изпълнение на наказанията; европейско сътрудничество в областта на наказателното право; управление и ръководство на структури в съдебната власт; структурни модели и обучителни програми за прокурори в Националния институт на правосъдието; обучение на младши магистрати.

От ноември 2012 г. е заместник-председател на Първата асамблея на страните-членки по Споразумението за създаване на Международната академия за борба с корупцията (IACA).

През 2012 г. е избрана за председател и член на Управителния съвет на Международната академия за борба с корупцията.

Източници:

https://www.president.bg/cat14/Viceprezident-biografia//

http://offnews.bg/news/Obshtestvo_4/Margarita-Popova-stana-zam-predsedatel-na-BSK_645133.html?ref=recomend